El término orgánica sugiere que esta rama de la química está relacionada con los organismos o cosas vivas. En un principio, la química orgánica se relacionaba únicamente con las sustancias que se obtenían a partir de la materia viva, así como el deseo de obtener, a partir de la naturaleza, ingredientes para medicinas, colorantes y otros productos de utilidad.
Poco a poco se hizo evidente que la mayoría de los compuestos de plantas y animales difieren, en varios aspectos, de aquellos que forman parte de la materia inanimada, como son los minerales. En particular, la mayoría de los compuestos vivos están formados siempre por unos cuantos elementos : carbono, hidrógeno, oxígeno, nitrógeno y, en algunas ocasiones, azufre, fósforo y algunos otros. El carbono siempre está presente.
Este hecho nos lleva a la definición actual: «la química orgánica es la química de los compuestos del carbono«. Esta definición amplía su alcance, ya que incluye no solamente los compuestos que provienen de la naturaleza sino también los compuestos sintéticos , que son compuestos ideados por los químicos orgánicos y preparados en sus laboratorios.